Предусматривается также введение такого института, как гарантия для налогоплательщиков на дополнительное обжалование. Пройдя один этап досудебного обжалования, налогоплательщик может (но не обязан) обратиться в вышестоящий орган - центральный аппарат налоговой службы, ФНС России. При этом и после обращения в ФНС у него сохранится возможность судебного обжалования решений, принятых в результате налоговых проверок.

  Одним из дискуссионных пунктов законопроекта является возможность участия налогоплательщика в процедуре рассмотрения его жалобы. Разработчики проекта поясняют, что участие заявителя в рассмотрении жалобы не планируется, так как выяснение обстоятельств дела в этом случае очень сильно растянется. С другой стороны, право налогоплательщика высказаться по волнующим его вопросам может быть чрезвычайно важным для процесса разрешения спора, и это признается большей частью экспертов.   Они же отмечают, что в досудебном урегулировании налоговых споров даже не так важно применение самой процедуры медиации, как владение представителем налогового органа навыками медиации.

  Цисана Шамликашвили полагает, что было бы более целесообразно внедрять элементы медиации и медиативный подход даже на уровне регламентов, которые будут описывать порядок общения с налогоплательщиками. Это, по ее мнению, создаст основу для доверия граждан к налоговой системе и государственным институтам в целом.